办公室（保密办公室）负责行政工作的管理、检查、督办，协调日常运转；承担公文流转、安全保密、密码管理、新闻宣传、办公信息化、信访、保卫、机要、档案管理和综合统计等工作，承担内部审计工作。

战略与规划研究室（简称“战规室”）开展海洋观测、调查、监测技术与装备发展战略以及国际合作政策研究，拟订相关规划、政策制度。开展业务化技术装备体系研究。承担国家全球海洋立体观测网及海洋观测重大工程的总体论证和顶层设计工作，承担海洋环境保障相关规划和政策研究，承担极地发展研究。承担参加国际海洋观测组织和

物业保障部（简称“物保部”）负责中心后勤正常运行管理和服务保障。